Afin de créer l’archipel, les développeurs et concepteurs ont dû surmonter plusieurs enjeux techniques et surtout écologiques. En étant situé dans une mer au sous-sol très peu solide, un procédé spécial a été employé afin qu’émerge de la surface de l’eau des îles stables et constructibles. Ce processus, nommé « méthode de la crêpe», consiste à projeter de minces couches de sable d’environ 0,5 – 0,75 mètre sous l’eau sur le fond marin. Entre chaque couche projetée, une brève période de consolidation est prévue afin d’obtenir une surface stable pour la couche suivante. L’épaisseur des couches augmente progressivement, atteignant au maximum 1 mètre. Les spécialistes étaient toutefois incertains à savoir comment la faible couche supérieure du sous-sol de la IJmeer réagirait sous la pression d’une nouvelle île. Une île « test » a donc été réalisée afin de répondre aux interrogations.



Tel que mentionné dans la morphogenèse d’Amsterdam, la création de « polder », terrains formés artificiellement par le nivellement et le remplissage de zones humides, n’est pas nouveau au développement de la ville. IJburg, comme tout « polder », est doté d’écluses afin de gérer le niveau de l’eau.  L’archipel est donc connecté au niveau de l’eau de la IJmeer, et ainsi l’excédent d’eau peut se diriger vers la mer en passant par les écluses. Grâce à la gravité, aucune pompe n'est exigée.